Es la imagen más venerada en San Pedro Atocpan. Para conocerlo es preciso tomar, desde la plaza, la calle Tláloc; al finalizar el primer tramo, seguir un largo pasillo y subir una escalera que conduce hasta su Santuario, por cierto, de grandes proporciones, terminado en 1977.

Por dentro el techo del recinto se muestra de piedra y de ladrillo en forma de bóveda. Una amplia nave muestra en los muros laterales coloridos vitrales; en el altar mayor se aprecia la figura de un Cristo negro hecho de caña de maíz en el siglo XVI. Según la tradición, se trata del Señor de las Misericordias.

Esta imagen no solo es venerada en Actopan sino en toda la alcaldía. A su fiesta, celebrada en mayo, llegan feligreses de los alrededores de Milpa Alta y de estados cercanos.

No hay que dejar el santuario sin antes tomarse un rato para ver la interesante panorámica de San Pedro, desde la terraza de este lugar. En 1933, el santuario fue declarado Monumento Histórico.