Los agustinos lo crearon bajo el nombre de Convento de San Juan Evangelista en 1560, y fue la sede del Seminario de Lenguas Indígenas.

Dentro de sus muros de piedra volcánica hubo un atrio, un cementerio, un manantial, una huerta y un molino de papel. Aún se miran dos claustros con frescos barrocos platerescos que representan escenas de mártires agustinos, de santos y de la vida de Cristo.

En 1933 fue declarado Monumento Histórico por el INAH y desde hace 35 años se convirtió en Centro Comunitario del Ex Convento de Culhuacán. Como tal, se ha dividido en cuatro salas de exhibición que muestran la historia de Culhuacán y del convento agustino.

Al visitarlo se miran objetos de la cultura tolteca: vasijas, malacates, platos, copas pulqueras, entro otros. La importancia de Culhuacán como centro ceremonial y religioso se muestra a través de sellos, figuras femeninas, sahumadores, un cuchillo de sacrificio, una efigie del dios de la muerte, el mascarón de Tláloc; piezas de ornato como silbatos, cascabeles, collares y orejeras. Destaca la escultura de basalto de la diosa Chicomecóatl, considerada la única en su tipo. La antigua capilla doméstica de los frailes exhibe la base del púlpito y cuatro columnas de un retablo de madera tallada y policromada de los siglos XVI y XVII que fueron rescatados del templo original.