El museo ocupa una parte de un inmueble contemporáneo, con una fuerte influencia del estilo art decó, construido entre los años 1925 a 1926, para funcionar como presidencia municipal de Tapachula. El área que ocupa el museo, dentro del inmueble, era la que estaba destinada para la penitenciaria. Ofrece una muestra de los aspectos de la historia prehispánica de la región. Se muestran monolitos y estelas del sitio arqueológico de Izapa.