Cuenta con tres salas, la principal muestra los aspectos sobresalientes de la arqueología de la Depresión Central hasta Los Altos. Otra sala refiere a Tenam Puente, a los objetos y esculturas que dan cuenta de la importancia de este asentamiento maya. Una sala más da espacio a una colección relacionada con el culto a las Cuevas del Oriente de Chiapas y a exposiciones temporales.