El conjunto arquitectónico conserva aún muchos espacios como en los años de su construcción. Para conocerlo es preciso entrar por la que fuera la hospedería, donde se realizaban los retiros espirituales. Ya adentro, se mira el área de las celdas, la biblioteca, la botica, el claustro, sus capillas y jardines. Mención especial merecen sus túneles subterráneos; los jueves, viernes y domingos se realiza el recorrido Leyendas Nocturnas del Desierto de los Leones que narra la manera de vivir de Los Carmelitas Descalzos.

Algunos espacios del ex monasterio se han acondicionado para efectuar eventos sociales, exposiciones o presentaciones de libros como es el caso de la hostería. No es extraño ver que la nave mayor sirva de escenario para ceremonias religiosas, obras de teatro y conciertos. Uno de sus jardines sirve como restaurante. En otros rincones más se han creado el Museo del Bicentenario y el Museo Zapata. El primero atesora maquetas del parque y una muestra fotográfica sobre la historia de Cuajimalpa. El segundo rinde homenaje a Emiliano Zapata a través de imágenes y sus frases célebres; también hay una muestra de rifles de la época.